まずは、カテゴリーのメニューをつくります。これはPHPでのモジュール化を前提で話進めます。Templateの編集から新しいインデックス・テンプレートを作成をクリックして、必要内容を入力。(下は本読堂でのうちの表記方法です)

<div class="sidetitle">
日本人作家（五十音順）
</div>

<div class="side">
<MTCategories show_empty="0">
<MTFilterCategories include="list1|list2|list3">
<a href="<$MTCategoryArchiveLink$>">
<$MTCategoryDescription$></a>
(<$MTCategoryCount$>)<br />
</MTFilterCategories>
</MTCategories>
</div>

次に、Templateの編集からCategory Archiveの中身をコピーし、また新しいインデックス・テンプレートを作る(アーカイブ・テンプレートではないのがポイント)からペーストします。
直すところは、
・<title>〜</title>
・<MTEntries>、</MTEntries>
タイトルは適当にそのカテゴリーの名前にします。
<MTEntries>は、CatEntriesのプラグインを使用。(詳細はエントリの表示/非表示を参照してください)
<MTCatEntries include="list1,list2,list3">、</MTCatEntries>
のように変更します。list部分は表示させたい適当なカテゴリー名にして下さい。
そして、上記のメニュー表を下記のようなコードで表示させたい部分に埋め込みます。
<? include"list1.html";?>
出力ファイル名も何のサブカテゴリーか分かりやすいようにつけると良いかと思います。(例：japan-author.php)
これも保存。

最後の仕上げに、Main Indexのページで表示されているカテゴリー・メニューの箇所を直します。

<div class="sidetitle">
カテゴリー
</div>

<div class="side">
<a href="japan-author.php">
本書評（日本人作家）</a><br />
<MTCategories>
<MTFilterCategories include="listA|listB">
<a href="<$MTCategoryArchiveLink$>">
<$MTCategoryDescription$>(<$MTCategoryCount$>)</a><br />
</MTFilterCategories>
</MTCategories>
</div>

以上、モジュール化前提で話して参りましたが、もちろんモジュール化してなくても、サブカテゴリーのメインページとメニュー表を同じソースに書いてもOKです。

サブカテゴリーからサブサブカテゴリーにしたいときは、インデックス・テンプレートを増やして自分でリンクさせるしかない方法ではありますが……

応用やアレンジはしやすいと思います。
BLOGのデータベース的利用を考えている方は一度お試しあれ。
ちょっと面倒だけど、普通にサイト作るよりは楽ということで……
あと、あくまで2.661のカスタマイズです。あしからず。

<div class="url"> この記事のURL：</div><input type="text" name="entry_url" size="70" value="<$MTEntryPermalink$>" readonly="readonly" class="edit" onfocus="this.select()" />

<MTEntryIfAllowPings>
<div class="url">
トラックバックURL：</div><input type="text" name="trackback_url" size="50" value="<$MTEntryTrackbackLink$>" readonly="readonly" class="edit" onfocus="this.select()" />
</MTEntryIfAllowPings>

まずは出来上がりをごらんください。こんなかんじ。
ほかのエントリーと様子は似ていますが、日付や投稿者などの記載がありません。
また、アドレスもarchivesに含まれていないのがポイント！
どうやるか。

テンプレートを作っちゃう！

これですよ。ああ、思いつかなかったなぁ。頭固いなぁ・・・・

以下、やり方手順です。

１．テンプレートの編集⇒新しいインデックス・テンプレートを作る。
２．テンプレート名、ファイル名：適当。チェック、リンクするファイルは任意。
３．テンプレートの中身は、CategoryArchiveをまず丸写し後、添削。
※エントリーの本体部分は、次のとおりにしてみました。
エントリーの表示/非表示を利用しています。

<div id="container">

<div class="blog">

<MTCatEntries include="about">
<$MTEntryTrackbackData$>

<div class="blogbody">
<a name="<$MTEntryID pad="1"$>"></a>
<h3 class="title"><$MTEntryTitle$></h3>

<$MTEntryBody$>

（途中省略）

</MTCatEntries>
</div>

</div>

補足（8/9）：エントリーの前後関係は、

sort_order="ascend" sort_by="excerpt"

“lib/MT/App/Trackback.pm”の２０８行目付近の、

my $blog = MT::Blog->load($blog_id);
$app->rebuild_indexes( Blog => $blog )
or return $app->_response(Error =>
$app->translate("Rebuild failed: [_1]", $app->errstr));

$app->rebuild_entry( Entry => $entry )
or return $app->_response(Error =>
$app->translate("Rebuild failed: [_1]", $app->errstr));

毎回、こういろいろと導入させて頂いていると、わたしもプログラムとか書ければいいのにと思います。まぁ、無理だけどね！！！しょぼん。